Реализация проекта «Чистый воздух» стартовала в 2019 году. Первоначально предусматривалось, что к концу 2026 года суммарные выбросы загрязняющих веществ в 12 городах первой волны сократятся минимум на 20% относительно уровня 2017-го. Впоследствии программа охватила 43 города. Вместе с тем сведения Росгидромета и Роспотребнадзора свидетельствуют о необходимости учитывать дополнительные критерии при определении результатов природоохранных мероприятий.

Основным инструментом действующей системы оценки остаётся учёт валовых выбросов в тоннах. В отчётности предприятий отражаются, в частности, модернизация производственных мощностей, установка фильтров и переход котельных на газ. Однако фактическая концентрация загрязняющих веществ у поверхности земли зависит и от других факторов: интенсивности автомобильного движения, использования печного отопления в частном секторе, особенностей рельефа и высоты размещения источников загрязнения. Поэтому одного суммарного показателя недостаточно для полноценной оценки изменений качества воздуха.

Наиболее наглядно расхождения между отчётными данными и результатами наблюдений проявляются в ряде промышленных городов. В Красноярске бизнес инвестировал около 60 млрд рублей в природоохранные мероприятия, а за счёт бюджетных средств проводилось обновление общественного транспорта. Несмотря на эти меры, в 2025 году Росгидромет оценивал уровень загрязнения атмосферы как «очень высокий». Кроме того, периодически регистрировались превышения нормативов содержания оксида углерода, диоксида азота и бенз(а)пирена.

Сохраняющаяся проблема концентраций отдельных загрязняющих веществ отмечается и в Омске. За период с января по сентябрь 2025 года региональный Центр экологического мониторинга получил около 9 тыс. обращений жителей. Минприроды региона за это же время зарегистрировало 372 официальные жалобы — в 2,6 раза больше, чем за аналогичный период годом ранее. В Нижнем Тагиле при уменьшении среднегодовых показателей одновременно увеличились максимальные разовые концентрации бенз(а)пирена и взвешенных веществ, что может отражаться на субъективном восприятии качества воздуха горожанами.

Стратегическую координацию программы обеспечивает Минприроды России. Значимое место в управлении её реализацией занимает заместитель министра Максим Корольков.

В связи с расширением географии проекта и продлением периода планирования до 2036 года представители экологического рынка и деловых ассоциаций предлагают изменить подходы к оценке эффективности. В частности, они считают необходимым дополнить учёт валовых выбросов прямыми показателями качества атмосферного воздуха. Это позволит сопоставлять результаты, представленные в отчётности, с реальными изменениями экологической ситуации.